這個世界存在著一種被稱為"魔女"的人,她們隱藏自己的力量,在世界上平靜安逸地生活著.她們有著自己獨特的聯絡方式,偶爾召開一些會議,喝喝茶,賞賞花.傾聽著地球的聲音,了解自然的她們,為了想要融入人類的生活而在世界上團結努力地生活著.
　　由于長年累月過著人類的平凡生活,現在魔女的子孫們漸漸失去了魔法的力量.大多數魔女卻非常高興,因為在人間社會要是擁有"特異"的力量會招來什麼樣結果,大家都很清楚.但是好景不長,平和的日子終于被打破了……
　　被魔女們稱為聖地的地方籠罩著瘴氣,那其實是增加魔女們魔力的秘密媒介.生活在人間的魔女們,認為無用的力(魔法)只不過是一種絆腳石罷了,因此將它封印了起來.但是不知為何封印卻被解開,瘴氣向世界各地擴散著,有著魔女的遺傳子的孩子們的魔力一起覺醒了……
　　最高干部的魔女們,決定向各地的小學派遣特使.將世界各地的還未接觸過魔法的孩子們集中起來,傳授給他們在人間生存以及自衛的法術.持有魔女的遺傳子的孩子們,被稱為了次世代魔女,即魔法少女.