故事發生在戰國時代.出生于普通忍者家庭的亂太郎 為不負父母的厚望成為精英忍者而進入學忍術學校. 在那里認識了富商的兒子新兵衛和戰爭中喪失父母的霧丸,並成為好友,組成了"三人組".忍術學校的目的是培養"忍蛋". 在忍術學校里有教授不同學科,性格各異的老師 ,高年級的天才忍者,女忍者,還有忍犬嘿呣嘿呣,古怪的校長大川平次渦正,非常之熱鬧! 亂太郎們三人組在上課和考試中常常失敗,並且總是在問為什麼,但他們仍堅持著並立志成為一流的出色忍者.忍術學校的校長的變幻無常,總是作出奇奇怪怪的決定,因而發生了許多有趣的故事,亂太郎等也常卷入各種各樣的事件……