平和甯靜的日本一隅——龍宮島上人們幸福安詳地生活著"你……在那里……嗎?"一個遙遠魑魅的聲音傳來從蒼穹之間襲來,一切的偽裝被卸下,戰火開始燃燒,這里將不再平靜……29年前,龍宮島乃至日本就早已不存在于地球的版圖之上,這一切的迷團隨著危險生物Festom的到來逐漸展開.龍宮島上的少年真壁一騎在Fafner駕駛員喪生的情況下,無奈的踏上了駕駛巨人Fafner保護這塊樂園的旅途.是堅決保護最後的樂園?還是懦弱的逃避現實?緊握好友皆城総士的手開始不知終點的旅行……